南流江入海口，古称三汊港，是汉代中国与东南亚交通贸易的重要港口。随着北海港的兴起和南流江的浅淤，其功能有所削弱，但在当地水运业中仍发挥着重要作用。

南流江分为五条支流，在县城西南入海。各支流河口距县城12-18公里，最东端查龙河口距最西端主流河口约14公里。

干流入海口位于县城西南约18km，东岸为沙岗镇七星岛黄茅村，西岸为西场镇与沙岗镇交界处的焦刚入海口。两岸距离约2500米，河口呈西南走向。河床宽510米，深3.25米。两岸都有石堤。涨潮时30-40吨级船舶可直达总河口，河口外有拦门沙，对航运影响较大。

木安河口向南流入江西水道口，在党江木安村牛角来与鱼江村杜屋坪之间，距县城西南约15公里。河口宽1000米，深1-3米，底部为淤泥质，两岸为石堤。1965建闸前，长江是南流江入海口的主要港口。可航行50-100吨船舶至北海，30-60吨船舶至已逐渐淤塞的党江。

龙江在河口分岔，南流江和周江分流入海。位于县城以南约12km处，位于党江村与环城水儿村之间，朝南，宽1100m。沙质河床，航道水深1.2m，入海口3公里范围内有查龙港，1965后为南流江口主要通航港口，50吨级船舶可乘潮入港。北方的连州船闸可以在涨潮时航行20-40吨的船只。

茶龙西以北约1.5km处有一个无水港，是古代合浦对外贸易和交通的重要港口。港口东面是清代修建的八字山炮台。附近有两处建于1884中法战争时期的营地遗址，俗称白坭城和倪虹城。

另外两个岔口分别是郁江与党江沙冲村交界处的针鱼墩河口，党江与沙岗河交界处的鸟岩子河口。两河口宽度均小于1，000m，水深为1-35m。